Publications scientifiques

Voici quelques-unes de mes publications, accompagnées de brèves explications :

  1. Pedro Henrique P. Braga, Steven Kembel, Pedro Peres-Neto (2024). Climatic rarity and commonness shape phylogenetic structure in tetrapod communities globally. Authorea. En évaluation par des paires..

    Notre analyse mondiale démontre que la rareté spatiale climatique influe fortement sur la diversité et structure phylogénetique des communautés d’amphibiens, d’oiseaux, de mammifères et de reptiles, soulignant l’importance de la fréquence climatique en tant que facteur fondamental, mais souvent négligé, dans la structuration de la biodiversité et les réponses à la variabilité climatique.

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  2. Pedro Henrique P. Braga, Steven Kembel, Pedro Peres-Neto (2023). Historical and contemporary processes drive global phylogenetic structure across geographical scales: Insights from bat communities. Global Ecology and Biogeography. 32 (5), 747-765.

    Notre étude démontre que la structure phylogénétique des assemblages de chauves-souris à l’échelle mondiale est structurée par l’étendue géographique, les barrières à la dispersion, la stabilité paléoclimatique et la diversification _in situ_.

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  3. Pedro Henrique P. Braga, Katherine Hébert, Emma J. Hudgins, Eric R. Scott, Brandon P. M. Edwards, Luna L. Sánchez Reyes, Matthew J. Grainger, Vivienne Foroughirad, Friederike Hillemann, Allison D. Binley, Cole B. Brookson, Kaitlyn M. Gaynor, Saeed Shafiei Sabet, Ali Güncan, Helen Weierbach, Dylan G. E. Gomes, Lella Crystal (2023). Not just for programmers: How GitHub can accelerate collaborative and reproducible research in ecology and evolution. Methods in Ecology and Evolution, 14 (6), 1364-1380.

    Nous présentons douze stratégies pratiques pour utiliser GitHub afin d’améliorer la collaboration, la reproductibilité et l’efficacité dans la recherche en écologie et en évolution, encourageant son adoption plus large pour des processus scientifiques plus transparents et efficaces. Nous soulignons également des fonctionnalités qui pourraient être améliorées et adaptées au développement de la recherche.

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  4. Gabriel Khattar, Stephanie Vaz, Pedro Henrique P. Braga, Margarete Macedo, Luiz Felipe L. da Silveira (2022). Life history traits modulate the influence of environmental stressors on biodiversity: The case of fireflies, climate and artificial light at night. Diversity and Distributions. 28, 1820–1831.

    Nous démontrons que le climat et la lumière artificielle nocturne influencent ensemble les communautés de lucioles en fonction des traits d’histoire de vie et de signaux de parade nuptiale, révélant leur vulnérabilité aux changements de composition sous l’influence grandissante des stress environnementaux, même au sein des zones protégées.

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  5. Bertrand Fournier, Héctor Vázquez‐Rivera, Sylvie Clappe, Louis Donelle, Pedro Henrique P. Braga, Pedro Peres‐Neto (2020). The spatial frequency of climatic conditions affects niche composition and functional diversity of species assemblages: the case of Angiosperms. Ecology Letters. 23 (2), 254-264.

    Nous révélons que les conditions climatiques rares favorisent les espèces d’angiospermes généralistes et génèrent une plus grande diversité fonctionnelle au sein des communautés nord-américaines, soulignant le rôle de la fréquence climatique dans la structuration des communautés écologiques.

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  6. Franciele P. Peixoto, Pedro Henrique P. Braga, Poliana Mendes (2018). A synthesis of ecological and evolutionary determinants of bat diversity across spatial scales. BMC Ecology. 18 (1), 18.

    Notre revue montre que le vol particulier des chauves-souris, leur forte dispersion et leurs traits fonctionnels façonnent leur diversité à plusieurs échelles. Toutefois, des lacunes de recherche — surtout à l'échelle de la paysage et de la métacommunauté — soulignent la nécessité d’approches intégratives et multi-échelles pour mieux comprendre les patrons écologiques et évolutifs chez ces mammifères.

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  7. Franciele P. Peixoto, Pedro Henrique P. Braga, Marcus V. Cianciaruso, José Alexandre F. Diniz‐Filho, Daniel Brito (2014). Global patterns of phylogenetic beta diversity components in bats. Journal of Biogeography. 41, 762-772.

    Nous démontrons que les chauves-souris présentent une forte différenciation phylogénétique entre l’hémisphère est et ouest. Leur grande capacité de dispersion atténue généralement le remplacement des espèces entre régions adjacentes, à moins que des barrières environnementales n’imposent un filtrage phylogénétique distinct.

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Éducation

Doctorat en biologie, 2016 à 2024
Université Concordia, Montréal, CAN

Thèse : Facteurs climatiques influençant la biodiversité : impact sur l'écophylogénie et la spécialisation à travers les échelles spatiales
Commité de thèse : Pedro Peres-Neto (direction), Steven Kembel (co-direction), Jean-Philippe Lessard & Dylan Fraser


Maîtrise en écologie et évolution, 2012 à 2014
Université fédérale de Goiás, Goiânia, BRA

Thèse : Patrons de l'évolution des niches climatiques et de la diversification chez les anoures néotropicaux
Direction de thèse : Natan Medeiros Maciel & Paulo De Marco Júnior


Baccalauréat en sciences biologiques, 2008 à 2012
Université fédérale de Goiás, Goiânia, BRA

Thèse d'honneur : Évolution adaptative des niches climatiques chez les grenouilles bufonides
Direction de thèse : Natan Medeiros Maciel & Paulo De Marco Júnior

Enseignement

J’ai une formation en stratégies d’apprentissage actif (tout récemment avec SALTISE au Collège Dawson et à l’Université Concordia, à Montréal) et j’ai participé à l’enseignement de cours de premier cycle, ainsi qu’à la conception et à l’enseignment d’ateliers destinées aux personnes en recherche. Par exemple :

Enseignement

  • Biostatistics (BIOL322, en anglais et en français), en 2023 et 2018, à l’Université Concordia.
  • Introduction to Biology (BIOL201), en anglais , en 2022, à l’Université Concordia.
  • Fundamentals of Nutrition (BIOL203), en anglais , en 2018, à l’Université Concordia.
  • Séminaire en écologie et analyses des données (BIO3500, en français), en 2016, à l’Université du Québec à Montréal.
  • Biostatística (en portugais), en 2012, à l’Universidade Federal de Goiás.

Développement et instruction d'ateliers

Depuis 2016, je contribue régulièrement à la série d’ateliers R du QCBS, à la fois en ligne et en personne à l’Université Concordia, l’Université McGill et l’Université du Québec à Montréal. Au fil de plusieurs sessions, j’ai élaboré et enseigné des ateliers portant sur :

  • Chargement et manipulation de données avec R
  • Introduction à la visualisation de données
  • Introduction à la logique de programmation avec R
  • Modèles linéaires et généralisés (mixtes)
  • Analyses multivariées et multivariées avancées

Ateliers

Voici une sélection d'ateliers que j'ai élaborés et enseignés en collaboration avec des amies et des collègues. Ils sont tous accessibles en ligne et vous pouvez les consulter en cliquant sur les liens ci-dessous:

Introduction à GitHub et aux GitHub Actions

Pedro Henrique P. Braga & Katherine Hébert

Une vue d'ensemble et une discussion sur la façon dont GitHub, une plateforme commune pour le contrôle des versions et la collaboration, peut aider à gérer les collaborations de manière dynamique, avec transparence et traçabilité.

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Collaboration dynamique avec GitHub et GitHub Actions

Pedro Henrique P. Braga & Katherine Hébert

Une discussion et des exercices sur la façon de gérer les collaborations de manière dynamique en utilisant les Issues et Pull-Requests, les Organisations, les Discussions, les Insights et les Actions de GitHub.

Voir plus Tutoriel

Intégrer l'écologie des communautés et la biologie évolutive à vos compétences en programmation

Pedro Henrique P. Braga & Katherine Hébert

Une plongée rapide dans les différentes approches utilisées dans la phylogénétique des communautés pour détecter les patrons évolutifs dans l'assemblage des communautés écologiques.

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Méthodes comparatifs phylogénétiques avec R

Pedro Henrique P. Braga

Cet atelier aide à couvrir certaines des familles d'analyses phylogénétiques comparatives de l'évolution des traits et de la corrélation, des taux de diversification, ainsi que de la structure des communautés.

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Prédiction de la distribution géographique des espèces en utilisant R

Pedro Henrique P. Braga & Julia Nordlund

Une introduction aux concepts fondamentaux qui soutiennent les modèles de distribution des espèces, décrivant certaines des méthodes les plus importantes couramment utilisées, et discutant les avantages et les limites de ces modèles pour différentes applications.

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Une (très brève) introduction à (R)Markdown

Pedro Henrique P. Braga

Une présentation fournissant un contexte et une vue d'ensemble de l'utilisation de R Markdown pour créer des documents dynamiques, des rapports et des présentations.

Diapositives

Mini-atelier sur les analyses bayésiennes des mixtures macroévolutives

Pedro Henrique P. Braga

Une introduction aux méthodes bayésiennes d’analyse des mixtures macroévolutives, expliquant comment détecter et modéliser différents processus évolutifs au sein des phylogénies.

Tutoriel

Expérience soulignée

Voici quelques points pertinents de mon expérience professionnelle récente et de mon engagement communautaire.

Coordination de la série d'ateliers R du CSBQ

De 2018 à 2022, j'ai co-coordonné la série d'ateliers R du Centre de la Science de la Biodiversité du Québec (CSBQ). Cette initiative est conçue pour soutenir les personnes inscrites aux cycles supérieurs et celles en début de carrière, qui souhaitent développer leurs compétences en méthodes statistiques pour la recherche en écologie, en évolution et en biodiversité.

Outre la conception et la présentation des ateliers, j'assurais la logistique, la planification budgétaire et le recrutement de personnes enseignantes et responsables de la coordination. Les séries d'ateliers et symposiums bilingues ont rejoigné plus de 700 personnes issues des milieux universitaire, gouvernemental et industriel.

Image by Katherine Hébert.
Image par Katherine Hébert.

Service et bénévolat

Pendant cette période, j'ai exercé la représentation étudiante des cycles supérieurs au sein du CSBQ à l'Université Concordia. J'ai également assuré un rôle similaire pour le programme d'études supérieures en écologie et évolution, ainsi que pour l'Association des étudiantes de premier cycle en sciences biologiques à l'Université fédérale de Goiás.

J'ai aussi participé à l'organisation de plusieurs conférences et événements, et offert mon soutien bénévole, notamment lors des colloques du CSBQ, des colloques R du CSBQ, du Derby de la recherche du CSBQ, des conférences de l'Institut des sciences biologiques (Université fédérale de Goiás) et comme bénévole pour des événements de la Convention COP15 sur la diversité biologique des Nations Unies.

Évaluation par les pairs

J'ai effectué des évaluations par les pairs pour PCI Ecology, Zoology (2), Journal of Biogeography, Marine Biology, Journal of Animal Ecology, Diversity & Distributions et Ecography.

Merci de votre visite !

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